Humane  Papillomviren sind ubiquitär verbreitet, infizieren Epithelien des  Menschen und können verschiedene Erkrankungen auslösen: cervikale  intraepitheliale Neoplasien, Karzinome und Condylome. 
Ca. 130 HPV-Typen sind bekannt, darunter gelten ca. 20 als hochriskant (high-risk-HPV, HR-HPV) für eine Karzinomentwicklung. 18 Niedrigrisiko-Typen (low-risk-HPV, LR-HPV) sind mit Condylombildung (selten invasiv wachsend) assoziiert.
1. Genitalbereich der Frau
Infektionen  des Genitaltrakts mit humanen Papillomviren sind häufig. Diese sind  zunächst harmlos, da es oft nur zu einer transienten Infektion kommt. Es  kann bei ca. 50% der jungen Frauen im Alter zwischen 15-25 Jahren eine  HPV-Infektion nachgewiesen werden. Bei vielen dieser Infektionen lassen  sich verschiedene HPV-Typen gleichzeitig nachweisen.
Persistiert eine  cervikale HPV-Infektion über mehr als 18 Monate mit demselben HPV-Typ,  kann dies zu einer Dysplasie und später zu einer  Neoplasie-/Karzinom-Entwicklung führen. Die HPV-Infektion ist eine  obligate und die einzige (monokausale Ätiologie) Voraussetzung zur  Entwicklung des Zervixkarzinoms. In 99,6% aller Zervixkarzinome ist HPV  nachweisbar. Dabei vermitteln die HPV-Typen 16 und 18 ein 10 bis 20fach  erhöhtes Risiko für eine hochgradige Krebsvorstufe (CIN3) im Verlauf von  10 Jahren. Die Läsionen entstehen in den meisten Fällen in der  Transformationszone am äußeren Ostium des Zervikalkanals.
Darüber  hinaus können im gesamten Genitalbereich Condylome auftreten. Obwohl sie  selten invasiv werden, können sie sehr lange persistieren und stellen  eine hohe physische und psychische Belastung dar.
2. Uro-Genitalbereich des Mannes
HR-HPV  Infektionen bei Männern sind meist inapparent und führen nur in  seltenen Fällen zu Karzinomen am Penis. Genitalwarzen treten  vergleichbar häufig bei beiden Geschlechtern auf. Urethrale Condylome  sind beim Mann häufiger.
3. Anus und Rektum
In der  Transformationszone an der Linea dentata im Analkanal können sich  HPV-assoziierte Analkarzimone entwickeln. Besonders bei HIV-infizierten  Patienten nehmen die durch HPV hervorgerufenen analen Läsionen deutlich  zu. Auch 
bei Personen, die rezeptiven analen Verkehr praktizieren, ist die Inzidenz der HPV-positiven Analkarzinome erhöht.
4. Kopf-Halsbereich
HPV-Infektionen  sind mit Larynxpapillomatose (LR-HPV) und Tonsillenkarzinomen (HR-HPV)  assoziiert. Die Genese von Karzinomen im Kopf-Halsbereich (Head and Neck  Squamous Cell Carcinoma - HNSCC) ist multifaktoriell, aber über 50%  aller Tonsillen- und Zungengrundkarzinome sind positiv für HPV. Dabei  sind HPV 16 und 18 die am häufigsten nachgewiesenen Virustypen. 
Das  HPV-HNSCC zeigt bestimmte Merkmale, wie ein frühes Auftreten, höhere  Wahrscheinlichkeit von Lymphknotenmetastasen (dort auch Nachweis von  HPV-DNA) und geringe Assoziation zu Alkohol- und Tabakkonsum.  Molekularpathologisches Merkmal ist ein gering differenziertes, nicht  verhornendes Plattenepithelkarzinom. 
Patienten mit HPV-assoziiertem HNSCC haben eine bessere Prognose mit geringerer krankheits-spezifischer Mortalität.
Vor diesem Hintergrund bietet das IMD Berlin in enger Zusammenarbeit mit PD Dr. A. Kaufmann aus dem gynäkologischen Labor der Charité eine erweiterte HPV-Genotypisierung an. Dabei können aus dem Abstrichmaterial folgende HPV-Typen identifiziert werden:
HR-HPV – 16, 18, 26*, 31, 33, 39, 45, 51, 52, 53*, 
56, 58, 59, 66*, 68, 73, 82
* high-risk nicht definiert
LR-HPV – 6, 11, 42, 43, 54, 57, 70, 72, 
Als Qualitätskontrolle dient der Nachweis von zellulärem ß-Globin, da HPV zellulär gebunden ist. 
Die Typisierung ermöglicht die zeitliche Nachverfolgung der Infektion, z.B. den Nachweis des Verschwindens des verursachenden HPV-Typs nach Therapie.
Die HPV-Gene E6 und E7 kodieren für Onkoproteine, die zur Transformation der Wirtszelle und deren unkontrollierte Proliferation führen. Bei transienten Infektionen ist die Expressionsrate niedriger als bei einer persistierenden Infektion. Der Nachweis von onkogener E6/E7-mRNA scheint ein geeigneter Indikator für das Risiko einer vorliegenden hochgradigen Infektion zu sein.
Voraussetzung: Es müssen humane Zellen im Material sein!
HPV-Genotypisierung
GOÄ (1.15 fach) als erweiterte Vorsorge € 131,95
IGeL (1.0 fach) als erweiterte Vorsorge € 99,09
EBM bei auffälliger Zytologie oder Z.n. Op. € 28,00
Onkogene E6/E7-mRNA
GOÄ (1.15 fach) als erweiterte Vorsorge € 53,62 
IGeL (1.0 fach) € 46,63
EBM bei auffälliger Zytologie oder Z.n. Op. (32820)  € 28,00 
Die Arbeitsgruppe um Andreas Kaufmann hat die ersten 1676 Patientenproben ausgewertet, um einen Eindruck von der HPV-Prävalenz in Einsenderpraxen zu bekommen. Die meisten Einsender waren Gynäkologische Praxen. Von diesen waren 1145 (68,1%) negativ und 513 (30,6%) eindeutig positiv, darunter 331 HR-HPV und 45 LR-HPV (64,5% HR vs. 8,7% LR) (Abb. 1). Die Differenzierung der HPV-Typen zeigte auch multiple Infektionen in 115 Proben (7%). Diese treten vorwiegend bei jungen Frauen auf, die eine hohe Prävalenz von HPV-Typen aufweisen und noch keine immunologische Kompetenz gegen die Viren erworben haben.
 
Ende September 2010 stellte sich eine 29jährige Patientin mit PAP IVa und CIN III in der Dysplasiesprechstunde vor. Der HPV-Befund ergab »HPV 16 positiv« und »HPV 59 schwach positiv«. Bei Konisation im November 2010 wurde beim gezielten Läsionsabstrich »HPV 16 positiv« und »HPV 59 nicht nachweisbar« gefunden. Bei der Kontrolle im Februar 2011 zeigte sich ein PAP IIID und koloskopisch atypische Condylome. Der HPV-Test ergab jetzt »HPV 59 positiv« und »HPV 16 nicht nachweisbar«! Demnach war die R0-Koniastion vollständig. Bei ausschließlichem HR-HPV Nachweis ohne Differenzierung der Genotypen wäre ein »HR-HPV positiv« mit einem Therapieversagen interpretiert worden. Tatsächlich lag aber eine floride Infektion mit einem anderen HPV-Typ vor, was ein konservatives Vorgehen nach sich zieht!
Koloskopischer Befund nach Konisation. Bei der Patientin wurde drei Monate nach Konisation wegen einer HPV16 positiven CIN3 eine Kontrolle durchgeführt. Es wurde ein PAPIIID hervorgerufen durch HPV59 diagnostiziert. Die Kolposkopie zeigt flache essigweisse Condylome die sich bei Jodprobe abgrenzen. Zu diesem Zeitpunkt bleibt die Patientin HPV16 negativ, was auf eine vollständige Entfernung der CIN3 schliessen lässt.